Márquez inició sus luchas políticas desde posiciones radicales, uniéndose a la Izquierda Estudiantil y la Hermandad Juvenil Cubana, ambas bajo la inspiración del Primer Partido Comunista.
Fue el 15 de septiembre de 1956 cuando, tras la sorpresa de Alegría de Pío, Juan Manuel Márquez perdió todo contacto con su familia. Acosado por el hambre y la sed, deambuló por estos inhóspitos parajes, hasta que, exhausto por las terribles privaciones a las que había sido sometido, abandonando la línea de la guardia cañaveral, se encontró con un indigno cubano llamado Ignacio Fonseca, quien advierte al soldado Francisco Moreno. ”. Salvajemente torturado, le dispararon. Así explicó uno de sus íntimos amigos del Marianense este fatídico hecho.
Márquez nació el 3 de julio de 1915 en Santa Fe, entonces parte del municipio de Marianao. A los 15 años se le conoce notablemente por su enfrentamiento con la tiranía de Machado, que lo condena a penas de prisión, primero en el Castillo del Príncipe, luego en la cárcel modelo de Isla de Pinos, luego que no tiene la edad suficiente. Inició sus luchas políticas desde posiciones radicales, uniéndose a la izquierda estudiantil y a la Hermandad Juvenil Cubana, ambas bajo la inspiración del Primer Partido Comunista. También estuvo preso durante la tiranía Caffery-Batista-Mendieta. Presidente de la Asociación de Estudiantes del Instituto de Marianao durante muchos años, todos los alumnos de la Segunda Escuela de la comuna le tenían una profunda admiración.
Con las libertades democráticas restauradas en Cuba, el pueblo lo eligió consejero en 1944, con una gran votación. Dicen que cuando asumió el cargo le preocupaba que el municipio tuviera biblioteca, que hubiera una conexión estrecha entre escuelas y museos, que hubiera un grupo de música. Presentó mociones condenando la tiranía criminal de Trujillo, que luego subyugó y oprimió a República Dominicana, y el asesinato del diputado en el Congreso Nacional, Jesús Menéndez (1948). Cuando los marines yanquis profanaron la estatua de Martí en Central Park (1949), reprendió a sus compañeros en la Asamblea Municipal: «¿Vamos a permanecer impasible ante esta afrenta?
Cuando en 1952 un nuevo golpe militar, nuevamente encabezado por Batista, implantó otra tiranía sangrienta en Cuba, la combatió con el periodismo y las armas. El 29 de diciembre de 1953 fue detenido en las escaleras del avión, mientras se dirigía al exilio. El 4 de junio de 1955 fue nuevamente detenido y torturado dos días después en la 17ª comisaría. El periódico El sol publicó un editorial condenando la acción. Márquez ingresó en la clínica Santa Emilia de Marianao, y Fidel Castro, que había sido liberado el 15 de mayo de 1955 con sus compañeros, fue a verlo. De esta oportuna visita nació su compromiso definitivo con el Movimiento 26 de julio.
Se fue con Fidel a México para preparar la expedición Granma en la que llegó como segundo líder. Tras el triunfo de la Revolución, al evocarla, el líder de la Revolución Cubana Fidel Castro lo llamó «mi socio en la organización del 26 de julio en el exilio» y lo calificó como un «formidable orador» que «levantó la multitud». con sus palabras vibrantes (…) Hoy no está, pero aquí está la obra que empezó ”.